学校研究生教育始于2004年，2006年获硕士学位授予权。现有1个土木工程博士后流动站、1个土木工程一级学科博士学位授权点、13个一级学科硕士学位授权点、17个专业学位授权类别，工程学、化学、材料科学、环境与生态学等4个学科进入ESI全球排名前1%，形成了本硕博贯通的完整培养体系。设有土木水利学院、建筑与空间规划学院、环境与能源工程学院、经济与管理学院、电子与信息工程学院、材料与化学工程学院、数理学院、安全科学与工程学院、设计创意学院、机械与电气工程学院、公共管理与法学院及联合培养（南京信息工程大学）等12个研究生招生单位，在校研究生3100余人。

学校聚焦新兴产业和未来产业需求，围绕安徽省的“1188”现代化产业体系，深化科教融汇、产教融合、开放办学。学校持续优化研究生招生结构与培养方案，强化创新能力培养，着力打造特色鲜明、质量过硬、行业认可度高的研究生教育品牌。