协同创新中心设立理事会、中心主任和科学咨询委员会等决策管理层。理事会主要由牵头单位和相关支持单位组成，选举理事长1人、副理事长4-6人、理事若干人；负责确定发展方向和规划；决定和批准主任提出的重要报告；召开年会听取和审议主任年度报告和年度工作计划；监督和审查财务预、决算；协调共建单位及相关合作单位间的关系；考核任免中心正、副主任，聘任科学咨询委员会主任。

科学咨询委员会由若干人组成，设主任1人，副主任2人。负责讨论和审议实验室的核心科学问题和关键技术研究开发、发展规划和年度计划，进行研究工作的阶段评价，对实验室的科研立项和科研成果进行评审，提供技术经济咨询和市场信息。

协同创新中心设主任1人、副主任3-5人。主任负责全面管理工作；负责年度工作计划的制定、组织和实施；负责制定年度财务预决算方案；制定并执行各项规章管理制度；对协同创新中心人员有聘任和奖惩权。

中心设立公共服务平台、研发平台、产业培育平台。